Recovering from a Decade: A Systematic Mapping of Information Retrieval Approaches to Software Traceability

Engineers in large-scale software development have to manage large amounts of information, spread across many artifacts. Several researchers have proposed expressing retrieval of trace links among artifacts, i.e. trace recovery, as an Information Retrieval (IR) problem. The objective of this study is to produce a map of work on IR-based trace recovery, with a particular focus on previous evaluations and strength of evidence. We conducted a systematic mapping of IR-based trace recovery. Of the 79 publications classified, a majority applied algebraic IR models. While a set of studies on students indicate that IR-based trace recovery tools support certain work tasks, most previous studies do not go beyond reporting precision and recall of candidate trace links from evaluations using datasets containing less than 500 artifacts. Our review identified a need of industrial case studies. Furthermore, we conclude that the overall quality of reporting should be improved regarding both context and tool details, measures reported, and use of IR terminology. Finally, based on our empirical findings, we present suggestions on how to advance research on IR-based trace recovery

Integration of education for sustainability in the preschool curriculum: A comparative study between the two latest Swedish curricula

The aim of this study is to provide a content analysis of the new Swedish preschool curriculum in comparison with the previous preceding curriculum to investigate how sustainability and education for sustainability (EfS) have been described, and whether there have been any changes in terms of the scope of their inclusion in the new curriculum. The study adopts a holistic view of sustainability, meaning that the environmental dimension, social dimension, and economic dimension, along with a pluralistic and transformative view of EfS, form the analytical framework. Using content analysis, the frequency of explicit and implicit descriptive words for sustainability and EfS in both curricula were investigated. A contextual analysis was also conducted that involved an interpretation of the meaning of the implicit words. Two main findings could be identified in the new curriculum in comparison to the previous curriculum. The first was that the term sustainability is now used from an explicit and holistic perspective that includes all three dimensions. The second was that the new curriculum provides guidance as to how to incorporate EfS where such words as investigating, participation, collaborate and develop are used. Together with the context in which these words appear, a picture forms of a pluralistic teaching tradition in preschool curricula. Overall, the analysis provides a picture of change in the Swedish preschool curriculum that is in line with the intentions of international policy and research relating to a need for increased focus on sustainability and EfS

Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

We present the ProCS method for the rapid and accurate prediction of protein backbone amide proton chemical shifts - sensitive probes of the geometry of key hydrogen bonds that determine protein structure. ProCS is parameterized against quantum mechanical (QM) calculations and reproduces high level QM results obtained for a small protein with an RMSD of 0.25 ppm (r = 0.94). ProCS is interfaced with the PHAISTOS protein simulation program and is used to infer statistical protein ensembles that reflect experimentally measured amide proton chemical shift values. Such chemical shift-based structural refinements, starting from high-resolution X-ray structures of Protein G, ubiquitin, and SMN Tudor Domain, result in average chemical shifts, hydrogen bond geometries, and trans-hydrogen bond (h3JNC') spin-spin coupling constants that are in excellent agreement with experiment. We show that the structural sensitivity of the QM-based amide proton chemical shift predictions is needed to refine protein structures to this agreement. The ProCS method thus offers a powerful new tool for refining the structures of hydrogen bonding networks to high accuracy with many potential applications such as protein flexibility in ligand binding.Comment: PLOS ONE accepted, Nov 201

En strategi för Finland

Finland har efter 2007 haft en svag ekonomisk utveckling, och den samlade produktionen och sysselsättningen ligger fortfarande under 2008-nivån. Finland har påverkats av den globala lågkonjunkturen, men ekonomins svaghet beror också starkt på inhemska faktorer. Konkurrenskraften har försämrats tydligt efter 2007. Lönebildningen har inte anpassats till den sjunkande produktiviteten. Den försämrade konkurrenskraften för exportindustrin har förstärkt effekten av den internationella krisen, så att både produktion och sysselsättning i den internationellt konkurrensutsatta sektorn har sjunkit kraftigt. Den höga kostnadsnivån i förhållande till euroområdet kommer att dämpa den ekonomiska utvecklingen under detta och nästa årtionde. Läget förvärras av att arbetsmarknadens parter inte verkar vara överens om en lämplig lönesättningsmodell som skulle säkerställa en bättre konkurrenskraft och skapa positiva förväntningar bland investerare. De långfristiga utsikterna för landets offentliga finanser är svaga, eftersom befolkningen i arbetsför ålder krymper och Finland fortfarande släpar efter övriga Norden med avseende på arbetskraftsdeltagande. Av alla dessa skäl är det uteslutet att försöka motverka lågkonjunkturen med kraftig finanspolitisk stimulans. En strategi för att ta landet ut ur krisen måste innefatta tre distinkta delar. För det första, konkurrenskraften måste återställas. Detta förutsätter att arbetskostnaderna i förhållande till produktivitetstillväxten ökar i långsammare takt än i euroområdet, under många år i rad. Arbetsmarknaders parter måste komma överens om en lämplig lönesättningsmodell som också skapar förväntningar om att den internationellt konkurrensutsatta industrin kommer även i framtiden att kunna ha en god konkurrensförmåga. Landets regering bör åt parterna uppdra att ta fram en ny lönebildningsmodell som säkerställer detta. Det ligger i alla arbetsmarknadsparternas intresse att landet även framgent har en livskraftig industri som genom sina produktivitetsökningar skapar utrymme för alla sektorers löneökningar. För det andra är det nödvändigt att ett ökat deltagande i arbetskraften och sysselsättningen främjas genom reformer. Utan ett ökat arbetsutbud är det nuvarande finska välfärdsåtagandet inte hållbart. Ett ökande arbetsutbud är också en förutsättning för att sysselsättningen kan växa under många år i rad, innan den stjälps av flaskhalsar och upptrappade löneanspråk som återigen börjar försämra konkurrenskraften. Utöver dessa två element måste allt möjligt göras för att främja produktivitetstillväxten. Det finns inga enkla och snabbverkande reformförslag, eftersom Finland redan har en generellt bra fungerande företagsklimat och ett innovationssystem som får internationellt erkännande. Det finns dock mycket som kan göras för att öka ekonomins omställningsförmåga och entreprenörsklimaten. En snabbare produktivitetstillväxt skulle underlätta återhämtningen av konkurrenskraften och på så sätt påskynda den ekonomiska utvecklingen

Strategia Suomelle

Suomen talouskehitys on vuoden 2007 jälkeen ollut heikkoa, ja kokonaistuotanto sekä työllisyys ovat edelleen vuoden 2008 tason alapuolella. Globaali taantuma on vaikuttanut Suomeen, mutta talouden heikkous johtuu vahvasti myös kotimaisista tekijöistä. Kilpailukyky on vuoden 2007 jälkeen heikentynyt selvästi, koska palkanmuodostus ei sopeutunut heikkenevään tuottavuuteen. Heikentynyt kilpailukyky on pahentanut kansainvälisen matalasuhdanteen vaikutusta, niin että vientitoimialojen tuotanto ja työllisyys ovat alentuneet tuntuvasti. Suomen korkea kustannustaso suhteessa euroalueeseen tulee heikentämään talouskehitystä tällä ja ensi vuosikymmenellä. Tilannetta pahentaa se, että työmarkkinaosapuolet eivät näytä pääsevän yksimielisyyteen sellaisesta palkkaneuvottelujen mallista, jolla turvattaisiin parempi kilpailukyky ja vaikutettaisiin myönteisesti sijoittajien odotuksiin. Suomen julkisen talouden pitkän aikavälin näkymät ovat heikot, koska työikäisen väestön määrä pienenee ja työvoimaan osallistuminen on edelleen muita Pohjoismaita vähäisempää. Niinpä tuntuva finansspoliittinen elvytys ei tule kysymykseen Suomen taloustaantuman hoitokeinona. Strategia, jonka avulla Suomi nostetaan kriisistä, sisältää kolme erillistä osaa. Ensinnäkin on palautettava kilpailukyky. Tämä edellyttää, että työvoimakustannukset, suhteessa tuottavuuskasvuun, nousevat monen vuoden ajan hitaammin kuin muulla euroalueella. Työmarkkinaosapuolten on päästävä yhteisymmärrykseen paremmasta palkkaneuvottelujen mallista, joka myös vaikuttaa odotuksiin ja vakuuttaa taloudenpitäjät siitä, että maan kansainväliselle kilpailulle avoin vientisektori on tulevaisuudessa kilpailukykyinen. Maan hallituksen tulee antaa työmarkkinoiden osapuolille tehtäväksi luoda tämän varmistava palkkamalli. On kaikkien työmarkkinaosapuolten edun mukaista, että Suomella myös tulevaisuudessa on elinkelpoinen teollisuus, jonka tuottavuuskasvu luo tilaa kaikkien muidenkin toimialojen palkankorotuksille. Toiseksi, on välttämätöntä, että työvoimaan osallistumista, työvoimaa ja työllisyyttä lisätään työn tarjontaa rohkaisevin uudistuksin. Ellei työn tarjontaa lisätä, Suomen nykyiset julkiset hyvinvointivastuut ovat kestämättömällä tasolla. Kasvava työn tarjonta on edellytys myös sille, että työllisyys voi tästedes kasvaa monen vuoden ajan, ennen kuin se törmää kilpailukykyä uudestaan heikentäviin pullonkauloihin ja yltyviin palkkavaatimuksiin. Näiden kahden strategiaosan ohella on tehtävä kaikki voitava tuottavuuskasvun edistämiseksi. Tässä suhteessa on vaikeampi antaa suosituksia ilmeisistä ja nopeasti vaikuttavista uudistusehdotuksista, koska Suomella jo nyt on yleisesti hyvin toimiva markkinatalous ja kansainvälistä arvostusta nauttiva innovaatiojärjestelmä. On kuitenkin mahdollista tehdä paljonkin talouden uudistuskyvyn parantamiseksi ja yrittäjyysilmaston parantamiseksi. Nopeampi tuottavuuskasvu helpottaisi kilpailukyvyn palauttamista ja kohentaisi siten kansantalouden kehitystä

Androgen receptor-beta mRNA levels in different tissues in breeding and post-breeding male and female sticklebacks, Gasterosteus aculeatus

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Androgens induce male characters by activating androgen receptors (AR). Previous quantitative studies on AR in fishes have been limited to few tissues and/or a single season/reproductive state. The aim of this investigation was to study the possible role of AR-beta expression levels in the control of male traits in the three-spined stickleback. To that end, AR-beta expression levels in major tissues in breeding and post-breeding male and female sticklebacks were examined.</p> <p>Methods</p> <p>AR-beta mRNA levels were quantified in ten tissues; eye, liver, axial muscle, heart, brain, intestine, ovary, testis, kidney and pectoral muscle in six breeding and post-breeding males and females using reverse transcription quantitative PCR.</p> <p>Results</p> <p>Breeding in contrast to post-breeding males built nests and showed secondary sexual characters (e.g. kidney hypertrophy) and elevated androgen levels. Post-breeding females had lower ovarian weights and testosterone levels than breeding females. AR-beta was expressed in all studied tissues in both sexes and reproductive states with the highest expression in the gonads and in the kidneys. The kidney is an androgen target organ in sticklebacks, from which breeding males produce the protein spiggin, which is used in nest-building. There was also high AR-beta expression in the intestine, an organ that appears to take over hyperosmo-regulation in fresh water when the kidney hypertrophies in mature males and largely loses this function. The only tissue that showed effects of sex or reproductive state on AR-beta mRNA levels was the kidneys, where post-breeding males displayed higher AR-beta mRNA levels than breeding males.</p> <p>Conclusion</p> <p>The results indicate that changes in AR-beta mRNA levels play no or little role in changes in androgen dependent traits in the male stickleback.</p

Development of a Computationally Efficient Tabulated Chemistry Solver for Internal Combustion Engine Optimization Using Stochastic Reactor Models

The use of chemical kinetic mechanisms in computer aided engineering tools for internal combustion engine simulations is of high importance for studying and predicting pollutant formation of conventional and alternative fuels. However, usage of complex reaction schemes is accompanied by high computational cost in 0-D, 1-D and 3-D computational fluid dynamics frameworks. The present work aims to address this challenge and allow broader deployment of detailed chemistry-based simulations, such as in multi-objective engine optimization campaigns. A fast-running tabulated chemistry solver coupled to a 0-D probability density function-based approach for the modelling of compression and spark ignition engine combustion is proposed. A stochastic reactor engine model has been extended with a progress variable-based framework, allowing the use of pre-calculated auto-ignition tables instead of solving the chemical reactions on-the-fly. As a first validation step, the tabulated chemistry-based solver is assessed against the online chemistry solver under constant pressure reactor conditions. Secondly, performance and accuracy targets of the progress variable-based solver are verified using stochastic reactor models under compression and spark ignition engine conditions. Detailed multicomponent mechanisms comprising up to 475 species are employed in both the tabulated and online chemistry simulation campaigns. The proposed progress variable-based solver proved to be in good agreement with the detailed online chemistry one in terms of combustion performance as well as engine-out emission predictions (CO, CO2, NO and unburned hydrocarbons). Concerning computational performances, the newly proposed solver delivers remarkable speed-ups (up to four orders of magnitude) when compared to the online chemistry simulations. In turn, the new solver allows the stochastic reactor model to be computationally competitive with much lower order modeling approaches (i.e., Vibe-based models). It also makes the stochastic reactor model a feasible computer aided engineering framework of choice for multi-objective engine optimization campaigns